司法院及法務部相繼公布不同的司法改革方案，檢察官改革協會於1999年3月31日表示，白皮書在維護檢察權公正行使的努力，要成立檢察官會議、研修法官法草案等值得肯定，但認為兩分計畫書內容均不夠具體周延⋯⋯

1999年3月31日法務部推出「檢察改革白皮書」，強調以「人民的司法」為改革主軸，提出維護檢查權之公正行使等八項檢查改革方向，包含維護檢查權之公正行使、持續打擊犯罪之成效、充實檢察機關的辦案資源、⋯⋯

司法院公布司法改革藍圖，立即引發法務部系統的反彈，究竟是司法院版本還是法務部的檢察改革白皮書行的通，見仁見智，兩者皆為司法機關，應該是緊密的合作關係，司法院身為最高司法行政機關，理當扛起司法改革的⋯⋯

司法院於1999年3月30日提出的司法改革藍皮書政策，3月31日立刻遭到法務部強烈反彈，法務部正式發表國內第一步「檢察改革白皮書」，對於檢察官的定位，法務部仍堅持「司法官屬性」，反對司法院改革藍皮⋯⋯

法務部於1999年3月31日提出國內第一部「檢察改革白皮書」，相較於司法院日前提出「司法改革藍皮書」，對許多議題都有細部的探討，因為整部白皮書歷經三位部長，對於內容、立場或許有不同的見解，但至少已⋯⋯

司法院長翁岳生於1999年3月30日公布司法再造藍圖，以「無罪推定理論」、「實質正當法律程序」為核心理念，期使法官能講求程序正義，發揮敬業態度及專業品質。藍圖共分「實現司法為民的理念」、「建立權責⋯⋯

根據司法院於1999年3月29日公布的司法改革措施中，決定於1999年底前，將刑事法庭上檢察官席位下移和辯護律師對等，引起檢察官不小爭議，不少檢察官認為尊嚴受損，已出現反彈聲浪。過去基於「使法庭民⋯⋯

司法審判公信力不彰，法官的自律不足都是使人民視法院如衙門。司法院長翁岳生於1999年3月29日公布的司法再造藍圖，將「法官」列為加強監督、改造的核心對象。司法改革藍圖指出，法官的改造、檢討加強法官⋯⋯

為了推動建立公平正義的訴訟制度，司法院決定將現行的「職權調查主義」刑事訴訟制度，改採「當事人進行主義」，未來一旦修法，法官審判時只能聽訟。我國現行的刑事訴訟制度是採職權調查主義，法官對於檢察官起訴⋯⋯

包含「司法院定位」4項、「強化辯護人之功能」3項、「人民對司法審判之參與」4項、「人民對民事事件得合意選擇法官」1項、「確立檢察官實質舉證責任，無罪推定原則之增訂」1 項、「促進當事人實質平等」2⋯⋯

1999年7月26日司法院召開記者會，公布依據全國司法改革會議獲致結論而訂定的具體措施及時間表，逐步落實司法改革會議結論，並將建立監督機制，邀集審、檢、學及社會賢達等各界代表組成委員會，持續監督全⋯⋯

1999年7月26日司法院公布「全國司法改革會議結論具體措施暨時間表」，然而同時，許多法官卻因不滿司法院管考新措施，士氣普遍低落，甚至有資深法官私下流傳似「黑函」的文章，嚴厲批評司法高層，並表示司⋯⋯