1998年9月，為了報告交保書類是否送閱一事，檢察官林忠義首度與檢察長發生衝突，批評陳耀能干涉檢察官職權，兩方關係陷入冰點，此次事件再度對上，甚至牽連法務部長葉金鳳，震撼了台灣司法界。陳耀能在一審⋯⋯

針對司法院提出司法改革措施，檢察官改革協會於1999年3月29日發表聲明，希望改革方案能夠是完整的配套措施，而非支離破碎的做法，並且能夠規劃出具體的時程，再考慮實際狀況下，循序漸進的進行改革。檢改⋯⋯

司法院確定要「審判機關化」，但究竟如何改變，司法院於1999年3月29日提出三個方案，包括一元化多軌制、多元化多軌制和一元化多軌制，司法院將和監察院協調後，提交於1999年7月召開的全國司法改革會⋯⋯

司法院長翁岳生於1999年3月29日提前兌現自己在就任時開出的第一張支票，提出五大司法改革方向具體措施時間表，這份司改藍圖開宗明義強調要實現「司法為民」的理念，明確指出司法院定位走向審判機關化，同⋯⋯

司法院於1999年3月29日提出司法改革具體措施及時間表，其中改革議題均牽涉到其他單位，包含法務部、行政院等，司法院長翁岳生強調，期望各機關單位可以揚棄本位主義，並表示，司法院提出的是為後代設計可⋯⋯

司法院於1999年3月29日公布司法改革藍圖的時程表，列出多項具體改革措施，理想性頗高，範圍也很廣，然而其中有許多並非新業，多承襲自司法院前院長施啟揚任內的政策，但在短期內並未見成效。此次司法改革⋯⋯

針對司法院於1999年3月29日提出「司法改革具體革新措施」中，出現許多影響檢察、法務制度的計畫，法務部長葉金鳳於3月31日提出反擊表示，司法制度應進行改革，但不應莽撞，要有配套措施以及務實。若司⋯⋯

法務部於1999年3月31日上午推出有史以來第一份「檢察改革白皮書」，法務部長葉金鳳表示，這份白皮書是以「人民的司法」作為改革的主軸。對於外界認為應採取的「起訴狀一本主義」，法務部在白皮書中不表贊⋯⋯

法務部於1999年3月31日提出「檢察白皮書」內容大談檢察改革方向，檢察官改革協會發起人之一的士林地檢署檢察官陳瑞仁表示，白皮書提示的成立檢察官會議、研修法官法草案及落實檢察長評鑑等，大方向值得肯⋯⋯

司法院提出具體改革措施時間表，攸關民眾權益最大變革在於「推動公平正義的訴訟制度」，司法院根據憲法第八條保障人民人身自由的精神，預計在2001年12月卅一日前，將改採當事人進行主義及緩起訴制度等刑事⋯⋯

司法院長翁岳生如期提出具體的司法改革時間表，但是接下來實際進行的司法改革作為，可預期將遭到相關機構安於現況本位主義的干擾或反對，司法改革能否成功除要引發全民重視外，端視翁岳生的魄力與智慧。司法院提⋯⋯

針對司法院提出的司法改革具體時間表，法務部於1999年3月29日緊急由檢察司進行全盤研究，政務次長曾勇夫認為，改革是要將壞的改成好的，如果現制沒有不好，即沒有改的必要。法務部長葉金鳳認為，司法改革⋯⋯