針對「刑事訴訟制度之改革」議題，探討增強當事人進行主義及其配套措施方面，提案一「研採起訴卷證不併送制度」，結論共2點、提案二「採行訴因制度」，結論整合小組協商後仍無法形成共識、提案三「確立當事人調⋯⋯

包含「司法院定位」、「司法行政權的分配與歸屬」、「強化辯護人之功能案」、「全面檢討公投辯護制度」、「人民對司法審判之參與」、「人民對民事事件得否合意選擇法官」、「推行民事事件審理集中化，強化第一審⋯⋯

1999年7月12日由在大學講授刑事法課程的教師聯合撰寫，對於「全國司法改革會議」感到遺憾，認為應該講幾點誤解公諸於世，以正視聽，提出包含「大會的『內定版本』從何而來」、「大會的『壓倒性多數』從何⋯⋯

內容包含〈有錢判生 沒錢判死？〉、〈那麼多法官做什麼？〉、〈現行犯改移法院、強制處分權移給法官…具體的配套措施呢？〉、〈法官風紀問題 翁岳生要辦〉等報導。《聯合報》，1999年3月31日，第1版。

新竹地檢署檢察官激烈地反彈司法院最新的司改藍圖，表示無法接受完全未與檢方協商，即自居司法改革者，在檢察官人力、物力嚴重缺乏且沒有任何具體配套措施下，如此作法無異本末倒置，未來檢察官勢成司法體系中最⋯⋯

司法改革是時代的趨勢，法官與檢察官都認同司法改革的必要性，但司法院於1999年3月30日公布的司法改革藍圖，只強調未來我國刑事訴訟制度將採當事人進行主義，並未提出具體配套措施，引起部分檢察官的疑慮⋯⋯

司法院公布司法改革藍圖，不僅法務部持反對意見，許多基層檢察官也感到憂心，準備轉任法官或律師。檢察官改革協會於1999年3月30日反對刑事訴訟採當事人進行主義的立場，認為法官必要時仍應職權調查，以發⋯⋯

司法院刑事訴訟研修會於1999年3月30日通過「證據」專章修法草案，為加強保障人權，加重檢察官舉證責任，縮小法官自由心證範圍，近期內將送行政院徵詢意見，預計在2000年6月底前送立法院審議。司法院⋯⋯

法務部於1999年3月31日公布「檢察改革白皮書」，明確反對採行當事人進行主義，而主張要建構合理行使檢察職權的折衷式立法，不僅使法院能中立審判，檢察官則可盡其所能舉證以浮現真象。白皮書當中首次提出⋯⋯

法務部於1999年3月31日公布檢察改革白皮書，和司法院改革藍圖一樣強調改革要針對人民的感受。白皮書中主張，以我國民情來看，司法最重要的任務在發現真實，法官仍應有一定的職權調查義務，不能完全聽訟。⋯⋯

法務部於1999年3月31日公布第一部檢察改革白皮書，與司法院一樣以人民為司法的改革主軸，提出刑事訴訟制度，採經過大幅修改的職權進行主義構想，法務部長葉金鳳說，檢察官並不拒絕改革，法務部推動的檢察⋯⋯

司法體系的主體包括司法院轄下的法院系統及法務部轄下的檢察體系，兩者位階雖不同，在職權上卻是制衡、配套的平行機關，也就是說，司法措施若不為一方所支持，則相對困難。面對此次司法院與法務部所公布的司改措⋯⋯