針對司法院於1999年3月29日提出「司法改革具體革新措施」中，出現許多影響檢察、法務制度的計畫，法務部長葉金鳳於3月31日提出反擊表示，司法制度應進行改革，但不應莽撞，要有配套措施以及務實。若司⋯⋯

法務部檢察改革白皮書認為，檢察官是刑事訴訟程序的核心，目前司法實務最具爭議性的問題有三：法院積案過多、法庭審檢辯三方關係失衡、缺乏明確證據主義。此三項問題都與檢察職權有所關聯，因此，如何建構合理行⋯⋯

針對司法院日前公布的司法改革藍圖，法務部就其中刑事訴訟改採當事人進行主義、檢察官席位及司法官訓練所隸屬等三大問題，提出新聞稿回應，法務部認為法官仍應維持發現真實的義務，且檢察官席位應與律師而非被告⋯⋯

針對司法院擬具刑事訴訟制度改採當事人進行主義等司法改革藍圖，法務部於1999年3月31日也提出不同意見，認為刑事訴訟制度不應以當事人進行主義或職權進行主義的二分法來討論，應採加強檢察官舉證責任並維⋯⋯

司法院刑事訴訟研修會於1999年3月30日通過「證據」專章修法草案，為加強保障人權，加重檢察官舉證責任，縮小法官自由心證範圍，近期內將送行政院徵詢意見，預計在2000年6月底前送立法院審議。司法院⋯⋯