民間司法改革基金會為促進司法獨立，推動司法改革，邀集學者專家及律師等人，針對憲法司法制度及刑事人權部分，提出修憲條文及說明，「司法制度改革」和「刑事程序基本人權」是為兩項主要方針，前者再細分「司法⋯⋯

1999年3月29日司法院長翁岳生公布司法再造藍圖，藍圖是以人民為主體，以「無罪推定原則」、「實質正當法律程序」為核心理念，期使法官能講求程序正義，發揮敬業態度及專業品質。藍圖共分「實現司法為民的⋯⋯

司法院的司法改革藍圖，首要在於理念的轉變。司法院秘書長楊仁壽於1999年3月29日時表示，大法官會議近年一直強調「實質正當法律程序」，是司法院長翁岳生司法改革的核心理念，至於具體的改革措施，是落實⋯⋯

1999年3月29日司法院長翁岳生公布其司法改革具體藍圖，有關跨部的革新事項，翁岳生認為應於七月初再提全國司法改革會議中討論，讓全國人民一同參與。預定以司法院定位之議題提請討論，方案有三，包含一元⋯⋯

司法院的司改藍圖中，有關採取「當事人進行主義」的部分，引起檢察官的強烈反彈。然而如果從人民的利益及司法制度的健全化來看，以當事人進行主義取代現行的職權主義是必然的趨勢，檢察官實不應以技術問題反對之⋯⋯

司法院提出司法改革藍圖，未來刑事訴訟將採當事人進行主義，並指名司法改革取向將以人民為主體。但法界人士直言，大部份民眾對於司法改革的認知，與司法院仍有一段距離。司法院司法改革藍圖中有關刑事訴訟將採當⋯⋯

針對司法院所提司法藍圖，規劃我國刑事訴訟將朝「當事人進行主義」方向修正，部分檢察官私下表示無法苟同，並強調外國的訴訟不能照單全收，應有相關配套措施，否則改革將不會成功。司法院提出司改藍圖及時間表後⋯⋯

司法院長翁岳生於1999年3月30日公布司法再造藍圖，以「無罪推定理論」、「實質正當法律程序」為核心理念，期使法官能講求程序正義，發揮敬業態度及專業品質。藍圖共分「實現司法為民的理念」、「建立權責⋯⋯

根據司法院於1999年3月29日公布的司法改革措施中，決定於1999年底前，將刑事法庭上檢察官席位下移和辯護律師對等，引起檢察官不小爭議，不少檢察官認為尊嚴受損，已出現反彈聲浪。過去基於「使法庭民⋯⋯

包含「司法院定位」4項、「強化辯護人之功能」3項、「人民對司法審判之參與」4項、「人民對民事事件得合意選擇法官」1項、「確立檢察官實質舉證責任，無罪推定原則之增訂」1 項、「促進當事人實質平等」2⋯⋯

1999年7月26日司法院召開記者會，公布依據全國司法改革會議獲致結論而訂定的具體措施及時間表，逐步落實司法改革會議結論，並將建立監督機制，邀集審、檢、學及社會賢達等各界代表組成委員會，持續監督全⋯⋯

為了推銷當事人進行主義，司法院於1999年7月26日祭出「世界人權宣言」，聲稱台灣的刑事法庭必須朝此方向改革，才符合這樣國際人權標準。司法院秘書長楊仁壽認為，這是司法院主張的「改良式當事人進行主義⋯⋯