2006年9月28日司法院針對智慧財產法院組織法及智慧財產案件審理法草案起草之經過予以書面說明。

司法會針對司法預算獨立入憲，以及憲法增修條文兩項議題提出說帖，爭取有關單位之支持與認同。

司改會基於四項理由，呼籲國民大會代表應支持司法院預算獨立入憲。

司改會為促進司法獨立，推動司法改革，邀集學者專家及律師等人，針對憲法司法制度及刑事人權部分，提出修憲條文及其說明。

司改會提出現行憲法條文及增修憲法條文對照表，並說明其立法理由。

司改會針對司法預算不獨立造成行政權控制司法權等現象提出說明，並作出如何肆應之說帖。

2005年11月1日司改會新憲小組由吳志光教授擔任召集人，討論2006年臺灣修新憲案—司法制度改革，以及司法院定位等相關問題。

司改會發表民間版一九九九憲法增修條文草案總說明，並針對司法制度與刑事人權部分提出相關說明與修正條文。

李念祖、林子儀、黃國鐘有鑑於釋憲功能與審判功能割裂，將造成人權保障的重大障礙，故於全國司法改革會議中提出司法院審判機關化，大法官應從事憲法審判一案。

蘇永欽、許宗力、陳清秀於全國司法改革會議提出司法院定位說帖，建議採多元多軌制。

蘇永欽教授於全國司法改革會議針對司法體制改革諸案之一元單軌制提出書面意見，指出司法體制的形成有其歷史背景，任何原則性改變，所衍生的體制相關成本不容低估。。

該文指出司法院的設計，原即有以部門獨立以強化審判獨立保障之意，惟行憲後在實質上只是解釋機關，雖使審判體系的專業改革易於推動，但對於審判獨立與司法公信建立自較不利，所以才有將高等法院改隸司法院之改革⋯⋯