2004年11月30最高法院檢察署致函司改會，告以該署將於是年年底或翌年一月初舉行加強落實刑事訴訟新制座談會，邀請該會派員參加。

2004年8月18日澄社、司改會、台灣法學會、檢察官改革協會就319槍擊總統副總統事件特別調查會之憲法定位混淆與其瑕疵，並可能引起戕害司法一事發表聯合聲明。

2004年10月8日中國時報報導澄社、司改會等民間真調會聯盟對朝野因三一九槍擊案僵持不下之亂象發表聲明，希望雙方各退一步；陳水扁總統也呼籲泛藍陣營應懸崖勒馬。

2004年7月29日司法院致函司改會，敦請該會於2004年9月30日前將專家參審試行條例草案（一稿）修正意見交司法院。

2006年5月3日馬在勤律師等人出席司改會司法貪腐及滿意度調查會議議程，除報告國際透明組織預定編撰2007年全球貪腐報告書，司改會決議與臺灣透明組織合作調查編撰台灣地區司法貪腐及滿意度調查報告外，⋯⋯

2006年4月12日馬在勤律師等人出席司改會司法貪腐及滿意度調查會議議程，除報告國際透明組織預定編撰2007年全球貪腐報告書，司改會決議與臺灣透明組織合作調查編撰台灣地區司法貪腐及滿意度調查報告外⋯⋯

司改會就司法貪腐及滿意度調查擬定問卷初稿，共分為整體滿意度、司法人員的清廉程度、法院的表現、司法改革、個人基本資料等五大類問題。

2006年6月22日司改會法庭觀察小組召開第二次工作會議，除報告上次工作會議紀錄，以及常執會決議鎖定觀察目標外，並討論觀察項目及方式。

2006年2月24日司改會法庭觀察小組召開第一次工作會議，除報告歷年法庭工作概況及初步企劃，並就年法庭觀察之對象、項目、地點、方式等內容以及志工培訓相關事項有所討論，並獲致具體決議。

2006年4月12日馬在勤律師等人出席司改會司法貪腐及滿意度調查會議議程，除報告國際透明組織預定編撰2007年全球貪腐報告書，司改會決議與臺灣透明組織合作調查編撰台灣地區司法貪腐及滿意度調查報告外⋯⋯

臺北地方法院、臺北地檢署、臺北律師公會及司改會於2004年2月合作進行臺北地區三方法曹評鑑，讓法官、公訴檢察官、偵察檢察官及律師就法庭態度、書類品質、準備程序、審理程序、詰問表現、辯論表現等專業表⋯⋯

針對2004年2月至2005年1月一年內曾在臺北地方法院、臺北地檢署參與刑事審判與刑事偵察案件之法官、公訴組檢察官、偵察組檢察官與律師所進行的各項評鑑問卷調查總結報告，評鑑內容包括準備程序、審理程⋯⋯