2006年12月7日立法委員吳育昇辦公室致函司改會，檢送智慧財產法院組織法草案及智慧財產案件審理法草案等相關資料，請該會提供意見。

吳育昇針對司法院所提智慧財產法院組織法草案提出數點意見。

2006年4月20日司法院暨行政院致函立法院，函請該院審議智慧財產法院組織法草案、智慧財產案件審理法草案等案件，並檢附相關說明與條文對照表。（《立法院議案關係文書院總第474號政府提案第10502⋯⋯

2006年9月28日司法院針對智慧財產法院組織法及智慧財產案件審理法草案起草之經過予以書面說明。

司改會為促進司法獨立，推動司法改革，邀集學者專家及律師等人，針對憲法司法制度及刑事人權部分，提出修憲條文及其說明。

司改會提出現行憲法條文及增修憲法條文對照表，並說明其立法理由。

司改會針對司法預算不獨立造成行政權控制司法權等現象提出說明，並作出如何肆應之說帖。

2005年11月1日司改會新憲小組由吳志光教授擔任召集人，討論2006年臺灣修新憲案—司法制度改革，以及司法院定位等相關問題。

司改會發表民間版一九九九憲法增修條文草案總說明，並針對司法制度與刑事人權部分提出相關說明與修正條文。

李念祖、林子儀、黃國鐘有鑑於釋憲功能與審判功能割裂，將造成人權保障的重大障礙，故於全國司法改革會議中提出司法院審判機關化，大法官應從事憲法審判一案。

該文指出司法行政與司法審判於比較法上並無定論，而司法院大法官釋字第五三○號解釋中僅有制憲本旨四字雖較簡略，亦有其功。

司改會發表民間版一九九九憲法增修條文草案總說明，並針對司法制度與刑事人權部分提出相關說明與修正條文。（《司法改革雜誌》，第22期，1999年8月15日，頁16-17）