法務部強調將在無明顯違憲之虞和不侵犯人權的範圍內，全力配合真調會的調查。此外，法務部也提出檢警調等執法機關共同有感的三項執行困境：一、真調會條例未規定主管機關，將造成行政機關執行的困難；二、真調會⋯⋯

記者專訪考試院長姚嘉文，他認為真調會違背了憲法及行政法的基本精神，在現行憲法架構下不屬任何機構或單位，其權限也已明顯超越立法權的範圍，因此經費預算問題也難以解決，政治操作凌駕法律的後果對台灣社會並⋯⋯

真調會發言人王清峰表示，在釋憲結果公布前，為減少爭議，真調會將「節制行使職權」。目前真調會已初步在台北市找好辦公室，涉及機密文件與證物的保存，保全系統受到注目。有關真調會未來是否借調檢察官協助辦案⋯⋯

2004年10月6日《中國時報》報導，親民黨在程委會提出三一九真調會條例修正案，在國親陣營合作下，封殺民進黨要求的併案審查，順利排入立院院會議程。民進黨批評泛藍的修法案僅修五項條文，其餘條文違憲內⋯⋯

2004年10月6日《中國時報》報導指出，在資深法官眼中，真調條例有違憲之虞的條文很多，嚴重侵害法官的審判獨立權、被告甚至證人憲法基本人權中的緘默權。因真調會行使職權不受刑事訴訟法限制，其強制處分⋯⋯

2004年10月22日《中時電子報》報導，真調會於昨日拜會刑事局，由局長侯友宜親自接待與進行口頭報告，並提及選後藍綠對立嚴重，不利警方偵辦行動。真調會打算下週拜會國防部長李傑，但遭回絕。

真調會委員施啟揚、王清峰一行九人昨首度拜會刑事局，與局長侯友宜會談，侯友宜以「老長官」來稱呼真調會。王清峰表示會談融洽，雙方追求破案的立場一致。另外，立委蘇盈貴持大法官會議記錄質問司法院秘書長范光⋯⋯

親民黨提名立委候選人高思博到民進黨台南市黨部抗議民進黨以政治干預司法、發動群眾威脅真調會委員人身安全。民進黨市黨部的陳亭妃與王定宇說高思博是「搞錯對象」、「無厘頭」。（《聯合報》，2004年10月⋯⋯

民進黨台南市黨部昨召開評議委員會，對無視黨內共識參加真調會的黨員蔡文斌，作出停權處分；若大法官釋憲真調會有部分違憲，蔡文斌仍持續參加運作，評委會將開除他的黨籍。（《聯合報》，2004年10月20日）

真調會條例是否違憲的釋憲辯論即將舉行，真調會改變決定，將不參加辯論。屆時和釋憲聲請人民進黨及台聯黨團「相對」的關係機關，將是立法院的代表，國民黨立委高育仁與親民黨立委陳進興，鑑定人為律師李念祖。釋⋯⋯

2004年10月《聯合報》報導，台南市警四分局偵辦群眾抗議真調會致妨害公務案，通知台南縣台聯立委候選人曾信超競選總部的主任曾俊仁以涉案人身份到案說明，曾信超與支持群眾前往聲援並抗議影響選情，警方則⋯⋯

真調會訂定工作要點限縮自身權力。施啟揚指出，如大法官決定不凍結真調會，調查腳步就可加大，但若遭凍結則將改以「民間真調會」方式運作。真調會成立兩週以來，調查始終遭到公務機關行使「抵抗權」，並因行政院⋯⋯