台灣的軍事司法制度設計，不僅違反了權力分立原則，行政權干涉司法，且在司法制度中更讓檢察工作無法順利進行，因此提倡國家司法一元化，期待軍事司法制度之改革。

軍事司法改革面對的是最保守最落伍的軍隊，而軍中審判制度下往往是無數個不明不白的冤案，軍事審判制度的改革是刻不容緩的，才能多拯救一些可能無故犧牲的年輕生命。

2004年10月22日《中時電子報》報導，真調會於昨日拜會刑事局，由局長侯友宜親自接待與進行口頭報告，並提及選後藍綠對立嚴重，不利警方偵辦行動。真調會打算下週拜會國防部長李傑，但遭回絕。

2004年10月《聯合報》報導，國防部長李傑於立法院國防委員會，受親民黨立委林郁方質疑不配合真調會調查工作。李傑表示，真調會不是憲政慣例，在釋憲結果出來之前都會按照行政院規定行事。