2007年3月29日法務部人事處核定相關檢察首長之職務調整案，相關職務異動共29名。此次調動案牽動法務部常務次長、相關司處主管、台南高檢署檢察長及行政執行署署長之異動，人選將報由行政院核定。

2007年3月31日法務部表示基於業務考量，一、二審檢察首長職務更替屬正常調度，尤以近4年更換4位檢察長，均係以業務需要為考量。檢察首長調動乃是依照2006年通過之法院組織法修正條文，本次檢察長人⋯⋯

陳定南因大幅調整檢察首長人事，引發部分基層檢察官的抵制，4月20日司改會發表聲明表示，檢察官的反彈訴求「不應以公眾利益為祭品」。（《自由時報》，2001年4月21日，第2版）

2001年4月21日法務部長陳定南調動21名檢察首長，引發部分檢察官抵制辦案，司改會發表四點聲明：一、職務調動屬於部長權限，亦將由部長負擔政治後果；二、職務調動與檢察外部獨立不相干；三、檢討檢察官⋯⋯