真調會訂定工作要點限縮自身權力。施啟揚指出，如大法官決定不凍結真調會，調查腳步就可加大，但若遭凍結則將改以「民間真調會」方式運作。真調會成立兩週以來，調查始終遭到公務機關行使「抵抗權」，並因行政院⋯⋯

2014年10月19日《聯合報》報導，真調會去函最高檢察署要求調閱李昌鈺博士針對319槍擊案所做的鑑識報告，發言人王清峰表示，如遭拒絕將不排除直接與李昌鈺聯絡以獲得相關資訊。行政部門屢對真調會行使⋯⋯

2004年10月《聯合報》報導，國防部長李傑於立法院國防委員會，受親民黨立委林郁方質疑不配合真調會調查工作。李傑表示，真調會不是憲政慣例，在釋憲結果出來之前都會按照行政院規定行事。