親民黨提名立委候選人高思博到民進黨台南市黨部抗議民進黨以政治干預司法、發動群眾威脅真調會委員人身安全。民進黨市黨部的陳亭妃與王定宇說高思博是「搞錯對象」、「無厘頭」。（《聯合報》，2004年10月⋯⋯

民進黨台南市黨部昨召開評議委員會，對無視黨內共識參加真調會的黨員蔡文斌，作出停權處分；若大法官釋憲真調會有部分違憲，蔡文斌仍持續參加運作，評委會將開除他的黨籍。（《聯合報》，2004年10月20日）

真調會訂定工作要點限縮自身權力。施啟揚指出，如大法官決定不凍結真調會，調查腳步就可加大，但若遭凍結則將改以「民間真調會」方式運作。真調會成立兩週以來，調查始終遭到公務機關行使「抵抗權」，並因行政院⋯⋯

2004年10月19日《聯合報》報導，蔡文斌發表聲明，表示自己加入真調會是為實踐30年前與陳水扁相互約定的理念，並以「急速處分」為由要求民進黨評委會在釋憲案出爐前暫緩處理他的黨紀處分案。