2005年10月28日台南建業中學因私立學校法事件，不服行政院中華民國93年4月8日院臺訴字第0930083549號訴願決定，遂提起行政訴訟，遭臺北高等行政法院駁回。

2004年9月30日台南建業中學因教育事務事件，不服行政院中華民國92年2月13日院臺訴字第0920080473號訴願決定，遂提起行政訴訟，遭臺北高等行政法院駁回。