吳育昇針對司法院所提智慧財產法院組織法草案提出數點意見。

2006年4月20日司法院暨行政院致函立法院，函請該院審議智慧財產法院組織法草案、智慧財產案件審理法草案等案件，並檢附相關說明與條文對照表。（《立法院議案關係文書院總第474號政府提案第10502⋯⋯

吳育昇檢具五項理由認為智慧財產法院組織法草案應重行審查。